1517.október 31-én olyan egyház-és pápaellenes mozgalom kezdődött, amellyel szemben a régi módszerek csődöt mondtak.
Luther Márton Ágoston-rendi szerzetes a Wittenbergi templom kapujára függesztette 95 tételét, melyek között a leglényegesebbek a következők:
- egyedül a hit által üdvözül az ember,
- ember és Isten között nincs szükség közvetőtő egyházra,
- a bűnt egyedül Isten bocsáthatja meg.
Fellépésének oka az volt, hogy az egyházi üzérkedés mérhetetlen felháborodást váltott ki német földön.
X.Leó pápa rendeletére búcsúcédulákat árutak egyházi személyek, hogy az így befolyt összeg fedezhesse a nagyszabású római építkezéseket.
Luther tételeit örömmel fogadta a német parasztság, a városi polgárság, számos fejedelem és több szerzetes is.
V.Károly császár parancsa ellenére "alattvalója" Bölcs Frigyes fejedelem magához vette Luthert Wartburg várába, védelmet biztosítva neki, ahol nyugodt körülmények között dolgozhatott maradandó értékű Bibliai-fordításán.
Hiába követték a Rómához és a császárhoz hű fejedelmek, hogy a lutheránusok ne terjeszthessék az új hitet, a reformáció eszméit vallók protestáltak (tiltakoztak).
Mivel az új hit az egyházi birtokok elfoglalásával is kecsegtettek, a fejedelmek jelentős számban álltak át a protestánsok közé, így a császár kénytelen volt kompromisszumos békét elfogadni.
Augsburgban az egyes tartományok lakói fejedelmük vallását voltak kötelesek követni, de ha ezt nem akarták, szabadon elvándorolhattak.
Természetesen a falusi és városi szegények egészen másként értelmezték a lutheri tanokat, sőt elfordulva tőle, azt a prédikátort követték, aki a gazdagok bírálatával, a vagyonközösség hirdetésével, az államhatalom tagadásával legfőbb vágyaikat szólaltatta meg: Münser Tamás.
A nép reformáció 1524-ben több német fejedelemségben parasztháborúba torkollott, melyet a fejedelmek egyesített seregei hamar levertek és kegyetlenül megtoroltak.
Svájc polgárosultabb társadalmában Zwingli és Kálvin tanai találtak kedvező fogadtatásra.
E szerint Isten korlátlan ura a világmindenségnek. Az embernek még születése előtt eldöntötte sorsát, és a halál után pokolba vagy menyországba kerül. Ez az eleve elrendelés tana.
Ha azonban az ember szolgalmas, takarékos, tisztalelkű, biztos lehet abban, hogy Isten a menyországba rendelte.
Kálvin nem tűrt ellentmondást, így a szentháromság tagadó irányzat vezetőjét Servet Mihályt máglyán égettette el.
Európában Itália, Portugália, és Spanyolország kivételével tartósan meghonosodott a reformáció valamelyik irányzata. Magyarországon szinte valamennyi, Franciaországban, a Német alföldön, Skóciában, Svájcban a kálvini, a németek lakta területeken és a skandináv országokban az ágostai vagy lutheránus irányzat terjedt el.
Angliában uralkodói parancsra jött létre az ún. anglikán vallás, mely a katolikus hitelvek és rituálé szerint működött. A protestantizmusnak dinamikus terjedése ellenére sem sikerült a kontinens egyetlen országában sem a katolicizmus fölé emelkednie. A katolikus egyház hatalmas belső tartalékokkal rendelkezett, képesnek bizonyult a megújulásra.
III. Pál pápa az egyházi államban bevezette a szent inkvizíciót 1542-től, 1545-ben egyetemes zsinatot hívott össze Tridentben. A zsinat a reformátorok hatására a szolgálatot, a lelki gondozást nyilvánította a papság elsődleges feladatává.
Ezért kötelezte a főpapokat, hogy egyházmegyéjükben tartózkodjanak, s folyamatosan ellenőrizzék egyházmegyéjük papjainak munkáját és erkölcseit.
Elrendelték a papneveldék felállítását s minden tekintetben megszigorították az egyháziak fegyelmét.
Az újításoktól egyébként mereven elzárkóztak, így történhetett meg, hogy éppen azokra sújtott le a szent inkvizíció, akik az egyház hű fiaként, bízva az értelem erejébe megjelentek a könyörtelen testület előtt.
Giordano Brunot 1600-ban ítélte máglyahalálra az inkvizíció, Kopernikuszt felfedezése eltitkolására, Galileit tanai visszavonására kényszerítették.
